Technicky vyspělá výrobní zařízení, obvykle s plně automatizovanými procesy, umožňují využití biomasy k výrobě energie. Tyto systémy jsou pochopitelně nákladné a plně automatizované procesy a postupy pak velmi citlivé na poruchy.
Vzhledem k tomu, že fermentační nádrže a zásobníky plynu obsahují výbušnou směs plynu a vzduchu, jsou tyto části systému kategorizovány jako potenciálně výbušné.
Pro zajištění maximální dostupnosti a bezpečného provozu bioplynových stanic je nutné realizovat spolehlivý systém ochrany před bleskem a přepětím.